本部主旨#
第一部已論證：演化與神的特殊作為這兩個被廣為宣稱的衝突點，其實並未真正衝突。本部處理的是另一類議題——確實存在真實衝突的科學領域。
第二部要證成的雙重主張：
- 承認衝突是真實的：演化心理學的某些理論、以及聖經歷史批判（historical Biblical criticism）所提出的某些結論，確實與基督教信仰不相容。
- 但這些衝突只是「表面的」：它們既不構成、也不威脅基督教信仰的「反證者」（defeater）。
為何稱之為「表面的」#
普蘭丁格（Alvin Plantinga）主張：即便基督徒對科學持高度肯定的態度，即便這些學科確實算得上是良好科學（這一點本身並非不證自明），它們的發展也並未為基督教信仰提供反證者。
第六章將詳細闡明「反證者」（defeater）的本性，並解釋為何這些衝突無法構成反證者。
簡要預告：科學受方法論自然主義（methodological naturalism）的限制——它在原則上排除一切訴諸神或超自然存有的解釋。因此科學的證據基礎只是基督徒完整證據基礎的一部分。從前者來看某信念可能不可信，並不蘊含從後者來看也不可信。
本部章節地圖#
第 5 章：演化心理學與聖經學#
普蘭丁格挑出兩個與基督教信仰張力較大的學科作為案例：
- 演化心理學（Evolutionary Psychology）
- 試圖以更新世時期的「狩獵採集者」的適應優勢，解釋我們的藝術、幽默、性行為、道德、甚至宗教本身。
- 部分理論（如 Ruse 與 Wilson 所主張的「道德是基因為了讓我們合作所玩的把戲」）直接與基督教的道德觀與宗教觀衝突。
- 歷史聖經批判（Historical Biblical Criticism）
- 一種試圖以「純科學」方法考察聖經文本歷史的學科。
- 部分結論（如否認耶穌的神性、否認復活、否認福音書的歷史可靠性）與基督教信仰的核心教義衝突。
第 6 章：反證者（Defeaters）#
- 闡明反證者的本性，以及一個信念在什麼條件下可被另一個信念「打敗」。
- 引入證據基礎（evidence base） 的概念：科學的證據基礎與基督徒的完整證據基礎不同。
- 討論方法論自然主義的本性與限制。
- 引入信仰與理性（faith and reason）的關係。
- 探討「化約檢驗」（reduction test）：若一個科學理論在去除方法論自然主義的限制後便會被基督徒接受，那它便不構成反證者。
第二部的結論預告#
普蘭丁格將論證：演化心理學與聖經歷史批判中的這些衝突理論，即便為真，也只是從某個受限的證據基礎來看有效。它們無法強迫一位理性的基督徒放棄其信念，因為基督徒的完整證據基礎遠超出科學所能涵蓋的範圍。
因此這些衝突是真實的、但只是表面的（superficial）；它們並未深入到信仰的根基。