有關安息日的爭論（五 16 ～ 30）#
在這段落裡，耶穌進一步澄清祂與父神之間的特殊關係，並解釋其中一些含義。祂的宣稱在意義上令人相當吃驚，也對人的心靈與心思帶來相對應的挑戰。為了辯護祂在安息日治病的舉動，祂指出自己的工作與父神的工作相同（17 節）。猶太人則指控耶穌將自己與父神平等看待、把自己放在與神爭競的地位，以此為褻瀆（18 節）。在人類墮落的事件中（創三 5），正是這種爭競性的訴求使人落在試探中；若耶穌心裡也有這種想法，猶太人的指控就有充足理據。但耶穌看自己「與神平等」，意義並非要與神爭競，相反，這份平等所要表達的乃是合一性——在這份合一裡，子完全服在父之下，因此兩位的工作就成為同樣的工作。「子憑著自己不能做甚麼」（19 節），耶穌沒有為這份對父神的依賴設下任何界限。父神是那位差遣與發號施令者，子則是被差遣與順服者。
從另一角度看，我們在這裡所關注的並不是一種粗陋的一神觀，而是一份豐富的三一神觀。這種獨特的啟示性與仿傚性的「相互關係」（19 節），植根於父神與子之間相互的愛。因此，神在祂兒子裡的啟示，至終不單建基於神對這世界的愛（三 16，是這愛促使神願將自己賜給罪人），也建基於神對子永恆的愛（是這愛促使父神將自己的作為啟示予子）。「父愛子，將自己所做的一切事指給祂看」（20 節）。這份基礎確實是神聖的。
這種自我降服的基督論，對聖子並不意味著祂在本質上次等，因為祂所做的只有父神才能做，因此聖子也具有神性。聖子的這份神性特質，將在以下經節進一步陳述。耶穌稱這些為「更大的事」（20 節），它們可與池邊醫治的神蹟互相比擬，雖然也與這神蹟有一點關聯。
- 在末日，「子也照樣叫死人起來」（21、25、28 ～ 29 節）。這是父神參與工作的典型（21 節）。第 8 節用在瘸腿人身上的同一個動詞，在第 28 ～ 29 節用來指向末日的「復活」。耶穌的能力幫助了池邊那人，使他已死的肢體復活；有一天祂將用同樣的能力，使世世代代處於死亡權勢下的人得生命。而這能力已經在作工：聖子的聲音已在世上發出——「那聽我話、又信差我來者的，就有永生，不至於定罪，是已經出死入生了」（24 節）。聖子在末日所要賜予的復活生命，已在現今賜給那些回應其呼召的人。耶穌這叫人驚訝的宣稱，將於第十一章使拉撒路復活的事件中得到確證。
- 在末日，「子將審判所有的人」（22、27、29 ～ 30 節）。這是無上神聖本質的另一方面。作為創造主，在祂之下的所有受造物都必須向祂負責——祂乃是「審判全地的主」（創十八 25）。然而耶穌卻已受託去執行審判（27 節）。
在這段落中，「人子」一詞在希臘文原文沒有使用指定冠詞，這在本福音書中是惟一的一次（27 節）。有些人認為這指向耶穌的人性，因為這稱呼可一般性地用在所有人身上；這看法確認祂適切地成為我們的審判者，因祂曾經歷我們人類的生命。這解釋雖有某程度的正當性，但我們應注意：這詞來自但以理書七章 13 節，在那裡也同樣沒有使用指定冠詞。我們很難想像，當日的猶太聽眾或熟知舊約的人聽到這詞句時，會不聯想到其在但以理書的用法；尤其但以理書七章所記載的人子是出現在審判的場合中，他坐在天上的審判座上，並展開那些書卷（但七 10）。
上一段所記載的故事也論及審判：耶穌警告那被醫治的人，神為他所做的事帶有道德含義——「不要再犯罪，恐怕你遭遇的更加利害」（14 節）。「更加利害」是指在末日，他作為一個已個別領受神醫治恩典、卻沒有因此改變生活方式的人，站在人子的審判臺前。那審判者耶穌將要來臨。
父神把這兩個功能賦予耶穌，其含義相當可畏：面對耶穌的這些宣稱，我們不可能再保持中立。以魯益師（C. S. Lewis）經常被引用的話來說：
無論是出自誰的口，只要他不是神，這些話都會顯出我稱之為前所未有的愚昧與妄想。……你必須作出選擇：這人要不就是神的兒子，要不就是一個瘋子，或比之更糟的人。你可以認定祂是愚蠢的人而不加理會，你可以向祂吐沫，或以祂是魔鬼而殺掉祂；不然你就要俯伏在祂跟前，稱祂為主、為神。
至於那些採取最後一種選擇、稱祂為主為神的人，必須面對一個問題：這選擇究竟對其生命帶來甚麼改變？既然祂乃是聖子，是叫我們從死亡的毀滅性權勢中復活的那位，又是我們在大審判時所要面對的那位，並且身體力行依循天父的作為（參 19 節：「父所做的事，子也照樣做」），我們就有責任以切實的行動來遵從這個榜樣。
有關子的見證（五 31 ～ 47）#
耶穌那些令人驚訝的宣稱，引起一個尖銳的問題：祂究竟是否有權柄作出如此宣稱？在本章最後一個段落，耶穌就集中處理這問題。首先，祂否定了一種純屬個人的權柄（31 節）。那位凡事聽從父神的聖子，不大可能在關乎祂權柄這樣極其重要的事上單獨作主，祂的老師其實正是父神自己（32、37、43 節）。而父神對聖子的授權，是透過三種不同的途徑展現出來。
施洗約翰的見證（五 33 ～ 35）#
施洗約翰的見證屬於來自「人」的見證，因此並不具終極性的重要性。然而耶穌指出，這見證「為要叫你們得救」（34 節）。耶穌提醒那些猶太人：他們當中許多人，包括一些領袖，都曾願意聆聽施洗約翰的話，並接受他的「光」（35 節）。耶穌告訴他們：回到這個基礎上去，從你們起初願意回應的地方開始，要回想施洗約翰勸人悔改的信息，並思念他曾指出我就是那將要來臨的一位（一 26 ～ 27）。
人為耶穌所作的見證，在今天仍然重要。起碼在講道中，悔改的信息一再發出，要將聽眾帶到基督那裡，正如昔日的施洗約翰一般。在歐洲大陸，其中一幅最偉大的宗教油畫就是格呂內瓦爾德（Grünewald）的「施洗約翰」。這幅畫對巴特（Karl Barth）影響巨大，以致他在著作中一再提到它。畫的主要特徵是突出施洗約翰，以食指把眾人的焦點指向十架上的基督。這幅畫捕捉了這位傳道者的呼召，意味著對一個人而言這是至高無上的榮譽。在這背景下，卡萊爾（Thomas Carlyle）的話點燃了生命之光：「既已被呼召成為傳道者，誰還會自貶身價去做君王？」的確，還有誰會如此呢？查理‧衛斯理（Charles Wesley）就掌握了其中的意境：
即使一息尚存，我仍感到欣慰，
只要能夠傳揚祂的名；
向萬民宣揚，至死仍然呼喊：
「看哪，看哪，那羔羊！」
我們也要小心，不可過度美化這位傳道者的角色。當謹記，耶穌所說的這位傳道者——施洗約翰——乃是在希律的囚牢中死於刀下的。
無論如何，為耶穌作見證、把祂介紹給人，乃是每一位門徒的榮譽。統計數字一再證明：人歸信基督最常見的途徑，乃是透過那些已找到祂的人所作的見證。這正回應聶樂瑞（D. T. Niles）對佈道所下的公認定義：「一個乞丐告訴另一個乞丐，在哪裡可以找到食物」。
神蹟的見證（五 36）#
約翰比較喜歡稱神蹟為「記號」。神蹟的見證比施洗約翰的見證更有「分量」（36 節），尤其因為這些見證遍佈耶穌整個傳道生活，不單包括祂所行的神蹟，也包括祂的死亡與復活。誠然，這些神蹟原則上概括了這位復活主整個無休止、改變世界的事工在內。耶穌不斷影響各個世代、各個民族，拯救、更新、醫治、釋放、光照、提升、安慰並指引所有藉著祂來到神面前的人。「父交給我要我成就的事……見證我是父所差來的」（36 節）。
這些神蹟的見證，在今天仍然具有分量。即使從歷史層面考量，我們在解釋整個耶穌基督的事件時，也不得不認同這卷福音書結束時對祂身分的宣認：「我的主，我的神」（二十 28）。父神已為耶穌的事工蓋上認可的印信（36 節）。
聖經的見證（五 38 ～ 40、46）#
在提出這方面的見證之前，作者首先提及父神：「你們從來沒有聽見祂的聲音，也沒有看見祂的形像」（37 節）。其意義在於指出：這位不可見的神，已透過成文的聖經來說話、揭示自己。耶穌承認，猶太人的領袖確實殷勤查考聖經（39 節），然而查考卻毫無果效，因為查考的人並沒有在經文中尋找基督。其實，單從聖經本身或字面上掌握聖經，都不能帶來永生（39 節）；惟有聖子能賜生命，而我們需要透過聖經來認識祂。
歸根結底，猶太人尋找不到耶穌，是由於他們先前已作的決定：「你們不肯到我這裡來」（40 節）。說到底，問題出於意志與心靈，而非思想。耶穌指出，舊約乃是「給我作見證的……經」，祂要以這基礎來定那些故意拒絕祂之猶太人的罪。那麼，那些擁有新約進一步、更全面之見證的人，豈不更該被定罪？今天，如果我們還忽略神成文話語的清晰見證，豈不更難找到藉口？
與此相關，一些聖經公會以及國際基甸會之類的機構，努力將這至為重要的見證傳送到世界各地的人手中，其事工是何等重要。在這過程中，我們也不必為聖經擔憂。當司布真（C. H. Spurgeon）被問及要如何為聖經辯護時，他的回答一針見血：「為聖經辯護？倒不如想想如何對付一頭獅子吧！」聖經誠然是「基督的搖籃」（路德）。
在總結時，耶穌嚴厲揭露猶太人領袖拒絕來到祂面前、拒絕領受祂所賜生命的事實（42 ～ 47 節）。他們基本的錯誤，在於看重人的讚譽超過神的讚譽（44 節）。他們的宗教以人的功德為本，要透過遵守誡命來尋求救恩（39 節）。這就解釋了為何他們會反常地為成文與口頭律法的細節爭辯，並從一開始就與耶穌產生衝突（16 節）。這是一個徹底人本的宗教體系，其中沒有任何地方可以容納永生的神（37 節），也不能容納人的心靈——那因被毀滅性罪惡勢力包圍、而在神面前出現的可憐困境（40 節）。因此，其他那些純粹靠自己的憑據冒充彌賽亞的人反而大受歡迎（43 節），因為他們沆瀣一氣、追求同樣的目標。惟有耶穌把他們從單純人的層面指向神的層面：「我奉我父的名來」（43 節）。在祂身上，他們得知全能者的絕對要求；祂提升他們超越相對的人為功德，呼籲他們完全投靠在祂的恩典裡。然而，這些觀念都是他們所無法接受的。
糟糕的是，主要控訴他們的人，竟是他們所非常敬佩的摩西（45 節）。有證據顯示，許多猶太人相信摩西不斷在天上為神的子民代求，因此在神面前摩西就是他們的保證人。倘若如此，耶穌在這裡的評論就更為可怕：他們的救星摩西，事實上正是他們的控訴人與審判官。
這可能因為摩西曾指向耶穌說話（申十八 15），但更可能是因為：在西乃山上神與人所立的約，如今已在聖子與祂所賜聖靈的新約上得以成就（三 1 及下）。那些自以為擁有很多的人，事實上至為貧乏。聖子是惟一通往父神的道路，他們卻不肯來到祂面前尋求生命。