約翰福音第二章的兩件事，澄清了耶穌與以色列宗教傳統的關係：祂把天國的酒帶進猶太教的水中，並作為受苦與復活的主，要重整、更新猶太人的敬拜生活。接下來這段記述祂的第一篇長講論——祂與以色列一位教師對話，澄清祂所引進之國度的不尋常本質。第二章結尾已暴露出單純建基於神蹟的「信心」何等不足（二 22 ～ 23），而尼哥底母正可視為這類膚淺回應者的典型（參他在三 2 開場白中提及的「神蹟」）。解釋本段時，值得記住約翰自陳的寫作目標（二十 31）：藉記載這些事件幫助讀者認識耶穌，引領他們對祂產生真摯的信心。
夜訪的尼哥底母#
尼哥底母資歷不錯：他是公會成員、一名法利賽人（因此熱衷於律法與純正宗教，1 節），又是以色列人中備受推崇的先生（10 節）。他夜間造訪（2 節），很可能因日間太忙難以抽身，但這方式也可能帶有偷偷摸摸的成分——耶穌看來並不屬於他樂於為伍的人。他的態度雖帶幾分客套（「拉比」對未經正規途徑取得資歷的耶穌而言已算相當大方的稱呼），卻也透出某種傲慢（「我們知道」一語的含義其實是：「到目前為止，我們就是根據這些來定奪你的事工」）。
不論他真正的用意何在，耶穌的答辯立即把他牽回問題本身，直接暴露出他靈性上的需要：「我實實在在地告訴你，人若不重生，就不能見神的國。」
此處譯為「重」的希臘文 anōthen 也可解作「從上面」。若取「重」，重點在進入國度之經歷的本質（一種與肉身出生相比擬的特殊經歷）；若取「從上面」，重點則在這經歷的來源——它出於屬天源頭，是一份本質上超自然的經歷。
「神的國」也可作「天國」，是福音書所載耶穌教導的中心。「耶穌一直懷抱著神的國這思想，來生活、工作，以及捨命。」約翰則喜用「永生」或「生命」，意義與「神的國」相同，字面上譯出「（將來的）世代的生命」這片語——在那將臨的世代中，神要作以色列與列國的君王。新約另一個相近的字眼是「救恩」。
已開啟卻未圓滿的國度#
作為受過良好教育又敬虔的猶太人，尼哥底母自然認定這國度將在歷史終結時降臨。然而耶穌的信息之所以令這類猶太人極其驚訝，在於一個事實：彌賽亞來臨時，這國度（即永生）雖已被開啟，卻尚未來到高峰。由此產生一段意料之外的「居間期」——國度已被建立（人已確實領受永生），其圓滿實現（人完全擁有永生）卻尚未來臨。這「居間期」橫跨第一世紀約翰的讀者，直到今天所有讀其福音書的人。在這期間，約翰「扮演著傳福音者的角色」，要彰顯耶穌的榮耀，叫讀者在信心中向祂委身（二十 31）——而這委身的意義就是進入國度、接受永生。
耶穌在第 3 節提出的進入神國的條件，對尼哥底母構成更深的震驚。作為正統、虔敬的猶太人，憑種族與割禮，他自然認定自己必有份於那將臨的國度；何況他還是專業的宗教領袖、法利賽人、統治階層的一員。那一晚全城恐怕沒有幾個猶太人，在能否被神接納方面，資歷能與他相比。然而耶穌卻告訴他：他必須「重生」。
水、聖靈與風#
面對這突如其來的說法（4 節），尼哥底母把它理解為「第二次出生」，作為另一次肉身的出生自然顯得荒誕。耶穌因而提供兩項幫助來澄清：一出於聖經，一出於對風的觀察（5 ～ 7 節）。
前一句話——「人若不是從水和聖靈生的，就不能進神的國」（5 節）——在解釋上一直多有爭議。理解的關鍵在於耶穌對尼哥底母竟難以明白這新生概念的驚訝（10 節）：耶穌顯然認為，以尼哥底母的學識本應明瞭新生是怎麼回事，因此祂指著尼哥底母所專長的舊約說：「你是以色列人的先生，還不明白這事嗎？」（10 節；希臘原文在「先生」前用了冠詞，可能指他是當時頂尖的神學家）。
舊約中以西結書三十六章 25 ～ 27 節是指明水、聖靈與出生關係的明顯經文，它指向彌賽亞紀元的新秩序，人將領受得潔淨的新經歷：「我必用清水灑在你們身上，你們就潔淨了」，並要領受聖靈——「我必將我的靈放在你們裡面，使你們順從我的律例，謹守遵行我的典章」。
因此耶穌其實是告訴尼哥底母：先知所預言潔淨與能力的新日子已經來臨，那長久期待的彌賽亞紀元如今已到——這意味那位君王、那位彌賽亞，就是耶穌自己，現在已經來到。要進入這國度，種族傳統、割禮、殷勤守律法、敬虔的表現、對聖經的認識都不管用；真正管用的是透過個人對耶穌的信心，接受一個從神而來的新屬靈生命（參一 12 ～ 14），因為耶穌就是那從神而來（三 14 ～ 15）、那位「被舉起來」的信心對象。（值得注意，施洗約翰也曾論及一種與聖靈有關的潔淨經歷，參太三 11。）針對尼哥底母在第 2 節那優越的「我們」，耶穌在第 11 節提出祂自己的「我們」：相對於當時拉比片面、搖擺的觀點，耶穌以親身見過「天上的事」的身分，道出關乎神的永活真理，因為祂就是那位「從天降下」的（13 節）。
耶穌第二項輔助是風和它的基本神祕性（8 節）。今天我們對風的起源與本質認識較多，卻仍說不清它究竟怎麼吹。同樣地，重生是從神而生：它超自然、不受人控制、超越人浩瀚的知識；然而正如風一般，儘管神祕，我們仍可親身經歷它的作用。
銅蛇與被舉起來的人子#
接著，耶穌引用舊約一個生動的圖象，邀請尼哥底母親自經歷這屬神國的新生命。（約翰寫作時未用引號，因此我們無法確定耶穌的話在何處結束、約翰的編輯解說又從何處開始。）民數記二十一章 4 ～ 9 節記載以色列人如何逃避蛇災而免於死亡：方法是在信心中仰望摩西在營中所立柱子上的巨大銅蛇。耶穌指出，人子——就是祂自己——也將要「被舉起來」，凡在信心中仰望祂的，都將經歷屬這國度的永恆生命。
「被舉起來」這動詞帶有雙關，同時表達釘十字架與獲得高升。約翰在這卷福音書後面一再運用這種含糊手法。
神愛世人#
第 16 節是整本聖經最為人熟悉、最常被傳講的一節，帶出神的愛，是對福音偉大而動人的摘要。神的愛在道成肉身（一 14 ～ 17）的「恩典」中已隱約提到，也是整個道成肉身事工背後的前提；當這幾章逐步揭示子的榮耀時，約翰在此把這一切追溯到其最終源頭。
「神如此愛」，強調神的愛無可比擬。神在愛中甚至「捨棄」祂「惟一而且是獨生的兒子」（這裡應同時看見道成肉身與被釘十架）。從這份犧牲，我們隱約看見亞伯拉罕「捨棄」以撒的事蹟如同影兒。若愛的深度由所獻的禮物衡量，神的愛便無可比擬，因為祂所獻的竟是祂的摯愛——祂惟一、在永恆中所愛的兒子。祂的愛已來到極點。
真正的信心仰望，是指將基督擺在我們的眼前，並透過祂來觀看神傾倒祂的愛的那份心意。
這節也指出神的愛在範圍上涵蓋全人類。約翰的讀者明白神向以色列所顯的特殊之愛，但神的愛其實永遠無分彼此，涵蓋所有男女與小孩。叫約翰最驚訝的，是這愛的恩典本質——因為它的對象竟是這個「世界」。約翰一貫視這世界為墮落、聯合起來背叛神的；因此當神愛的光輝照射出來，它如此榮耀，正因它所針對的不僅是世界的廣大，更是這個罪惡的世界。
約翰接著描述世界對神藉愛子所賜之愛的回應，呼應一章 12 節：那些接受愛子、信祂名的人，就得著新的、永不止息、超自然的神國生命。然而這生命並非自動可得；人若不信或拒絕祂，結局便嚴重得難以形容（16 節用「滅亡」一詞）。這咒詛並非神所命定的目的；祂真正的目的是在祂兒子裡、藉信心將救恩賜給所有人。
光明與黑暗#
接下來幾節，約翰以「光明」與「黑暗」的鮮明對比，解釋得生命者與滅亡者之間的分別。耶穌好像光一般來到世間（19 節），延續了引言中關於道帶來真光的教導。光的來臨迫使每個人作出選擇（參創一 4）。黑暗早已掌權，在真光來臨以前，世界的需要就已存在；正如前面所指，神的愛之所以奇妙，恰在於它正是針對黑暗而發。以聖經別處的話說：「世人都犯了罪」（羅三 23），而且「罪作王」（羅五 21）。
光的出現因而促發危機。可悲的是，許多人作出叫人驚訝的自我毀滅之舉：拒絕這光，繼續懷抱黑暗而活，這正是「不法的隱意」（帖後二 7）最具體的表現。約翰也解明其背後緣由：墮落的人心痛恨光，因為光暴露了他們的惡行——「凡作惡的……並不來就光，恐怕他的行為受責備」（20 節）。相對地，凡「按真理而活的人」（直譯「行真理的」）願意讓行為被暴露，不是為彰顯自己的義，而是要讓耶穌這真光透過他「行出真理」（21 節）。
這段對比可歸納如下：
- 所有人在聽聞福音之前，其基本的道德生活都在「黑暗」中。
- 信徒願意敞開生命「來就光」，讓神檢視。這雖痛苦，卻是得救必經的一步。
- 由第 14 ～ 16 節可見，「來就光」引致「信靠愛子」以及祂為我們的罪所作的犧牲。
- 「來就光」之後，信徒活出新生命，表現出新道德的力量。他們那份「公開的祕密」，是真光如今已來臨，成為他們「行真理」之新生命真實而「純粹」的源頭。因此信徒單單靠賴恩典而活，正如靠此得救。
- 相對地，因拒絕基督這真光，不信的人要面對更深的咒詛——這咒詛已因他們犯罪的生命臨到他們身上。
- 神的終極目的不是咒詛不信的人，這也非祂所喜悅；他們受咒詛，乃是真光來到世界所帶來嚴肅而負面的後果。
你必須重生#
這段對話在整本聖經中至為重要，因為它極清楚地表達了藉聖靈重生的真理：惟有藉神的靈隱密、大能的作為，人才能經歷救恩。「你必須重生」。這事已隱含在舊約中，新約其他地方也有此教導，並與進入神國、信靠基督、接受永生等救恩圖象一致。藉聖靈重生這真理帶來具體的貢獻：它強調救恩是神超自然的作為，帶來人本性革命性的蛻變。只有神才能施行拯救。
在我們這世代，「宗教」又再普遍流行，一些古代信仰有復甦跡象，新興宗教如新紀元也冒出頭來。對現代人而言，「宗教不能拯救人」難以想像，正如這事實對當日的尼哥底母同樣難以想像。要經歷神的救恩，我們不單需要「獲得亮光，更需要重生得救。這不僅是新看見的問題，而是新生命的問題。」你必須重生。
對從事佈道事工的人而言，這真理意義深遠：成為基督徒永遠是一個神蹟。為基督作見證的人必然成為禱告的人，認真佈道的教會也必然成為禱告的教會——藉禱告祈求神干預，使已死的人重新活過來。救恩屬乎神，無論佈道方法如何先進都無法取代這事實。「為」永活神有效作工的關鍵，是「向」永活神祈求；今天如此，第一世紀亦然。只有神才能施行拯救。
重生使基督徒與非基督徒的分別顯得極其強烈：我們只能屬其一——要不已重生，就是死在罪裡；要不已來到真光裡，就是仍在黑暗中；要不已從咒詛中得救，就是仍在咒詛之下。在這些事上沒有中立。我們未必記得自己重生的細節，但這不是基本問題；基本問題是：我們是否時時刻刻活在依靠耶穌基督裡——祂是我們永活的主與救主——並讓屬靈生命在神不斷更新的賞賜中持續成長。