第二章一開始，就進入了本福音書的一個新段落。這段落記載了耶穌的公開事工如何在加利利開始，並在耶路撒冷達到高峰。本段的結構圍繞著耶穌的七個神蹟。約翰使用「記號」（semeia）一字來表達神蹟，取代了「神蹟」或「異能」等字眼。約翰毫無保留地認定，超自然的力量確實運行在這些大能的工作之中；然而他所關注的，是要超越神蹟本身而看到它們的重要性。它們是記號，也就是一些具有特別意義的作為，藉此向相信的人顯出祂的榮耀，並向那些尚未決定是否要跟隨耶穌的人發出挑戰。

值得注意的是，這種對耶穌神蹟的了解，與對觀福音作者的角度有點不同。其他三位作者喜歡用「大能的作為」（dynameis）和「神蹟」（terata）兩字；前者完全沒有出現在約翰福音中，後者也只出現了一次（四 48）。

我們可以這樣理解其中的差異：對於對觀福音的作者來說，耶穌的神蹟是開啟神國度、實際發生的事件，「基本上表達了耶穌建立神的統治與擊敗撒但統治的作為」。對於約翰來說，神蹟雖然確實是超自然能力的歷史作為，但更重要的是它們帶有象徵性的意義：神蹟指向其本身以外的這位耶穌和祂的重要性。說得明白一點，對觀福音中的神蹟基本上是末世性的，而約翰福音中的神蹟基本上卻是以基督為中心的。對於約翰來說，本於神蹟的記號而生發的信心並不理想；然而最起碼來說，這種信心比起那些甚至不願去看這些記號的人，已經邁進了一步。

關於「記號」還有另一方面的真理值得注意：耶穌通常稱它們為「工作」（erga），而「工作」同時也可以包括祂的話語（參十四 10）。「工作」一字直接把耶穌的事工與父神的工作連在一起：「我父作事直到如今，我也作事」（五 17）。子與父的聯繫親密到一個地步，甚至耶穌的工作可被視為父在祂裡面的工作（十四 10）。因此，這些記號也猶如整卷福音書一樣，在挑戰我們去正視耶穌，並無可避免地問：「你到底是誰？」（八 25）

關於第二章所記載的兩件事件，解經家們有一定的共識：在迦拿變水為酒，以及在耶路撒冷潔淨聖殿這兩件事，確立了耶穌事工的本質，並且指出了基督將來要作之工的方向。「參與婚筵與潔淨聖殿，是主第一次降臨時起首的作為；當主再來時，祂首先要作的，正是潔淨整個有形的教會，並舉行婚筵。」