基因是資訊，不是分子#
已故的偉大演化理論家喬治．威廉斯（George Williams）堅持：把基因等同於 DNA 分子是個錯誤。這就像以為《哈姆雷特》是由墨水構成的一樣。任何一本莎士比亞劇本當然都得由某種東西承載——墨水、螢幕上的字母形狀，甚至是燒錄進 CD 的二進位碼——但劇本本身是一個抽象的、資訊性的東西，能從一種媒介跳到另一種媒介。
基因作為「製造蛋白質的食譜」，依丹尼特（Daniel Dennett）採用的思路，同樣是抽象的、資訊性的東西。
核心立場：基因的本質是資訊，而非承載它的分子。分子結構之所以世代維持大致不變，是因為它承載了它所承載的那份資訊——而非反過來。
但有人不同意這種構想基因的方式，尤其是生物學哲學家彼得．戈弗雷-史密斯（Peter Godfrey-Smith）。為了回應他，丹尼特打造了一個小小的直覺幫浦（intuition pump）。
Herb、Alice 與寶寶 Hal#
Herb 和 Alice 想要一個孩子，但他們用的方法很不尋常：
- 兩人各自把基因組定序，收到一份資料檔——各約三十億個字母（A、C、G、T……）拼成的兩條序列。
- 他們寫一支小程式，對兩人的基因組執行減數分裂（meiosis）演算法，隨機生成虛擬的精子與卵子，再隨機在電腦裡（in silico）結合，產生一份新的基因組規格（這份規格能通過所有「屬於 Herb 與 Alice 後代」的親子鑑定）。到此為止，全都只是 A、C、G、T 這些符號的字串改寫，是純粹的計算過程。
- 這份規格接著被用來逐個密碼子（codon）建構出整個基因組的實體 DNA 實作（A ＝腺嘌呤、C ＝胞嘧啶、G ＝鳥嘌呤、T ＝胸腺嘧啶）。凡特（Craig Venter）的實驗室如今已能做到這件事。
- 這個基因組被植入一顆人類卵子的細胞核，以常見的方式培養成「試管嬰兒」。
得出的嬰兒 Hal，是 Herb 與 Alice 的孩子嗎？
丹尼特認為答案顯然是「是」。Hal 確實是他們的生物學後代，因為它取用了 Herb 與 Alice 若以正常方式受孕時同樣會貢獻的全部遺傳資訊。
這個直覺幫浦凸顯了繁殖中真正重要的東西：資訊，以及資訊的因果傳遞。在 Hal 的例子裡，這份資訊是以 A、C、G、T 的 ASCII 編碼、而非分子的形式傳遞的。這條因果鏈甚至可能繞經通訊衛星，而不是走更直接的生化路徑。
對批評的回應：精子游動力#
戈弗雷-史密斯同意 Hal 是 Herb 與 Alice 的後代，但對丹尼特的表述有所保留。本著建設性批評的精神，丹尼特也承認：Herb 與 Alice 的生殖方式，與我們平常的方式之間，存在一個生物學上重要的差異。
如果人人都用 Herb 與 Alice 的方式生殖，Herb 的遺傳資訊就不再搭乘它慣常的載具——精子細胞——前往卵子。於是精子的游動力（motility）不再承受天擇壓力，其他條件相同下，會世代退化。用進廢退。
即便如此，丹尼特仍主張——並認為這個直覺幫浦清楚說明了——世代間大致維持不變的那個分子結構，之所以被保存下來，正是因為它體現了它所承載的資訊。
進一步的思想實驗：XNA 星球#
若存在能保存同一份資訊的替代結構，演化便會照常進行。丹尼特用另一個直覺幫浦來檢驗這個主張。
延伸案例：DNA 與 XNA 交替的星球
想像在另一顆星球上，「奇數代」用的是 A、C、G、T 為梯級的 DNA，而「偶數代」用的是另一種雙螺旋——稱為 XNA——梯級由 P、Q、R、S（某些別的分子）構成。
假設後代的 XNA 分子，是透過類似信使 RNA（messenger RNA）的機制，以親代的 DNA 為模板製成的，只是這個機制在兩種生化語言之間進行「翻譯」。到了下一代，另一套信使機制再把訊息翻譯回去，如此往復。
在這樣的世界裡：
- 你必須找到基因寫成同一種語言的配偶，才能生育後代——而後代的基因組會寫成另一種語言。
- 亂倫結合（Oedipal unions）會不孕——這大概也是好事。
- 但可能出現許多羅密歐與茱麗葉式的悲劇：來自對立社群的戀人無法生育。（他們總還能選擇無子的性生活並領養任一型的孩子，或乾脆當卵子與精子捐贈者，養一大群同父異母或同母異父的手足。）
撇開這些麻煩，演化將照常進行，把關於有價值適應（以及可遺傳疾病等）的遺傳資訊，透過在結構上可以任意不同的替代編碼系統，一代代傳下去。
相同的基因，不同的分子。 每個基因會有兩種形式，其差異就如「cat」與「chat」、「house」與「maison」。
這個例子與「兩個黑盒子」的案例相互呼應：兩個在語法上、結構上都不同的載具，共同擁有的正是同一份資訊、同一組語義（semantics）。這正是「基因是資訊」立場的核心。