本書第二部從醫學轉向靈性的層面，探討世俗主義、靈魂，以及生與死的意義。作者派克（M. Scott Peck）稱這一部呈現的是一種「底層的單純」：表面看似複雜的安樂死爭議，根源其實是人們對「靈魂是否存在」的不同信念。書名《靈魂的否認》（Denial of the Soul）的緣由，正在本部揭曉。

各章主軸如下：

• 世俗主義（Secularism）：界定世俗意識與神聖意識的差異，並提出靈性發展的四個階段。作者指出，安樂死本質上是一個深刻的世俗現象，而問題不在世俗少數的強勢，而在宗教多數的軟弱。
• 人的受造性（The Creatureliness of Humans）：全書的神學核心。作者為靈魂下定義——「上帝所創造、上帝所滋養、獨特的、可發展的、不朽的人類靈性」——並逐一闡釋其與安樂死的關聯。
• 學習死亡（The Learning of Dying）：以庫伯勒—羅斯的臨終五階段與「憂鬱的功課」為主軸，說明臨終是一生最大的學習機會，以及「虛己」（kenosis）的意義。
• 安樂死：一個典型案例（Euthanasia: A Typical Case）：透過一則真實的安樂死報導，剖析其中「上帝」與「學習死亡」的缺席，並提出全書的核心叩問——安樂死是否其實是一種對自然臨終過程的否認。

作者邀請讀者同時在神學與心理學兩個層面上思考並加以整合——因為他所談的「存在性情緒痛苦」，本質上就是「心理靈性」的。