一、三元人論：一種準諾斯底主義的二元論#
如前所述，倪柝聲雖將人分為三部分，但他的三元人論其實是一種深刻的二元論：體與魂雖有區別，卻同屬人的「天然層面」（人性）；而靈徹底不同，屬於「超越層面」（神性）。傳統二元論強調物質性的身體與非物質性的靈魂之對立，倪柝聲的三元人論則強調天然層面（體、魂）與超越層面（靈）的對立。在此意義上，三元人論是一種將人性與神性對立的二元論。因著這種對立，「成為屬靈人」便意味著對天然人性的否定。在這一點上，倪柝聲深受賓路易師母（Jessie Penn-Lewis）的影響——其屬靈神學的核心，正是對天然人性的棄絕。
有學者指出，倪柝聲的屬靈觀近似諾斯底主義（Gnosticism）。嚴格說，他並非諾斯底主義者，因為他不認為體與魂源於另一位上帝；但他對體與魂的強烈排斥與貶低，確有諾斯底傾向。兩者的差異在於棄絕的範圍：
- 諾斯底主義是一種靈知主義，強調靈魂與身體對立，棄絕的是「身體」，卻極其注重「知識」。
- 倪柝聲的三元人論更進一步，把「知」也列為棄絕對象，棄絕的是身體連同知識、情感、意志——人之為人的全部。
因此，三元人論是一種比諾斯底主義「更徹底棄絕人性」的準諾斯底主義；它拒絕的是人性本身，因為在這框架下，上帝與人性水火不容。
正如學者梁家麟所指出，倪柝聲「將上帝與人徹底二分對立，宣稱凡有人的因素、人的作為的地方，便不能相容上帝的作為」。上帝對人的拒絕，不僅因為人的罪，更因為人性本身。倪柝聲明言：即使人擺脫了罪，只要仍「思想如人的思想，愛慕如人的愛慕」，活在天然界裡，而非完全靠著神的聖靈作工，聖靈就無法在他裡面掌權、顯出能力。
二、墮落的關鍵：屬魂的智力#
人最初被造時，靈、魂、體處於和諧的秩序中——「靈像主婦，魂像管家，體像僕人」，魂與體都完全服從靈。然而人在蛇的引誘下吃了「分別善惡樹的果子」，徹底顛倒了這一秩序。
倪柝聲認為，「分別善惡」是魂的理智功能，因此吃這果子的目的，是讓屬魂的智力成為主宰：
「知識善惡在這個世界裡，都是惡的。知識是由人魂的智力部分生出來的……魂的生命一被啟發上升，靈的生命當然下降，失去神的知識，如死一般。」
和賓路易師母一樣，倪柝聲尤其反對屬魂的知識與智力，認為那是人墮落的根源。撒旦對人的引誘，正是讓屬魂的知識成為主導。人犯罪之後，原初的秩序被顛倒：「神的意思原是要靈居在最上，來管束魂。人變作屬魂之後，靈就沉下來服事魂。」當魂取代靈成為主宰時，靈便淪為魂的囚徒、斷絕與神的交通，使整個人與神隔絕——這便是「屬靈的死亡」。
在他看來，人的心思與撒旦有著特殊的親緣關係：
- 「人類第一次的犯罪，就是為著追求『分別善惡的知識』，而那知識是撒旦所給的，所以人類的知識（心思）就和撒旦特別相投。」
- 整個天然人性（身體與魂）都是魔鬼工作之地，但「心思」尤其是撒旦的營壘。對於意志、情感與身體，黑暗勢力若未先取得地位便難以下手；唯獨心思「好像已是它們的產業」，邪靈無需特別允許便能在其中自由工作，將心思當作「仇敵的營壘」，藉以保守牠的囚虜。
這種對心智的強烈質疑，使倪柝聲的世界觀帶有鮮明的反智色彩：「人的頭害人，比人的心害人更多」；「我們真不敢說定，今世的哲學、倫理、知識、查考、研究、和科學，有多少不是從黑暗的權勢來的。」
因此，在倪柝聲的理解中，上帝救贖人的首要任務，是破除屬魂的理智、將靈從魂的壓制下解救出來。為此，上帝必須用「十字架的愚拙」滅絕天然人性的智慧：
「因為人類的墮落是從尋求知識來的，所以神就用十字架的愚拙，來『滅絕智慧人的智慧』。智力是墮落的原因，所以人要得救，必須相信愚拙十字架的道，好叫人不倚靠智力。知識的樹木叫人墮落，神卻以愚拙的木頭（彼前 2:24）來拯救。所以『自以為有智慧，倒不如變作愚拙，好成為有智慧的』（林前 3:18-19）。」
在他看來，人的根本問題不只是罪，更是天然人性、尤其屬魂的心智——它正是罪的源頭，因此救贖必須一併將人從中拯救出來。
三、人的破碎：讓「裡面的人」出來#
既然「智力是墮落的原因」，得救便意味著對屬魂智力與天然人性的棄絕——這正是《人的破碎與靈的出來》的核心主題。此書在很大程度上是《屬靈人》的濃縮本，卻更清晰地呈現了三元人論背後的二元論，將人性分為兩個決然對立的元素：
- 裡面的人：「我們這個人的靈就是裡面的人」，指靈的生命，惟有它能為神作工，卻常「像關在牢房裡」一樣受監禁，「我們的靈就像被罩子罩著一樣，不容易出來」。
- 外面的人：「一般人所感覺到的人就是外面的人」，指天然人性的全部，包括魂與體。
倪柝聲認為，基督徒最重要的一件事，就是打碎「外面的人」，好讓「裡面的靈」自由出來。而打碎的工具，正是十字架：
「十字架的意義，就是破碎外面的人……要把你的意見毀了，要把你的辦法毀了，要把你的聰明毀了，要把你的自愛毀了，要把你的一切都毀了。你外面的人一被拆毀，你裡面的人就能出來，你的靈就能被使用。」
在天然人性中，最頑固而墮落的就是屬魂的心思或智力，因此「對智力的破碎」成為屬靈人的首要任務。在這種框架下，靈命與智力必然對立，於是屬靈與反智被等同起來。倪柝聲反覆強調，造就與交通在於「靈與靈的接觸」，而非「思想的增加」或「意見的調和」；除了讓靈出來，「其餘的，沒有多大用處，道理沒有多大用處，神學沒有多大用處。光有聖經的知識有什麼用？」
因此，在倪柝聲的屬靈神學中，天然人性的破碎，必然伴隨著對心智與知識的棄絕——也就是反智。