約翰福音的結構可分為四大部分：

序言（1:1–18）#

著名的「道」（Logos）序言，宣告耶穌的神性與道成肉身。

「神蹟」之書（1:19–12:50）#

記載耶穌對世界的公開事奉，包含七個神蹟（記號）和相關的教導。

「榮耀」之書（13:1–20:31）#

耶穌教導跟隨者（13:1–17:26）#

包含最後晚餐、洗腳、告別講論，以及大祭司的禱告。

耶穌受難、復活後的顯現及結論（18:1–20:31）#

記載耶穌被捕、受審、釘十字架、復活，以及向門徒顯現。

結語（21:1–25）#

額外記載的復活後顯現，包含在提比哩亞海邊的神蹟捕魚，以及耶穌與彼得的對話。