馬可福音的結構採用「首尾呼應」（Inclusio）的技巧，這是一種適用於口述文化的敘事手法。全書可分為三大部分：

起頭：可 1:1–8:21#

1. 耶穌展開事奉（1:1–15）#

2. 耶穌在教導、醫治和趕鬼上顯出權柄（1:16–45）#

3. 挑戰與敵對（2:1–3:6）#

4. 開創另一種家族／親屬群體的故事（3:7–35）#

5. 分開局外人與局內人的比喻（4:1–34）#

6. 神蹟無法喚起真信心（4:35–8:21）#

• 厭棄耶穌與施洗約翰（6:1–29）
• 就潔淨條例發出的挑戰（7:1–23）
• 三個神蹟及就「神蹟」與法利賽人爭辯（7:24–8:21）

中段：可 8:22–10:52（核心暨轉捩點）#

這段以兩個醫治瞎子的神蹟作為首尾呼應，中間穿插三次受難預言與門徒教導：

1. 醫治一個瞎子（8:22–26）
2. 首次教導彌賽亞的職分（受難預言）及如何作門徒（8:27–9:1）
3. 登山變像與受苦的先驅（9:2–13）
4. 趕鬼（9:14–29）
5. 再次教導彌賽亞的職分（受難預言）及如何作門徒（9:30–50）
6. 就離婚發出的挑戰（10:1–12）
7. 小孩子與天國（10:13–16）
8. 財產與天國（10:17–31）
9. 第三次教導彌賽亞的身分（受難預言）及如何作門徒（10:32–45）
10. 醫治一個瞎子（10:46–52）

尾聲：可 11:1–16:8#

1. 彌賽亞騎驢進耶路撒冷（11:1–11）
2. 聖殿的譴責和取代（11:12–26）
3. 挑戰與敵對（11:27–12:44）
4. 末世的講論（作門徒的代價與回報）（13:1–37）
5. 受難預言的應驗（14:1–16:8）